Juhtimis- ja kontrollisüsteemide auditi eesmärgiks on analüüsida ja hinnata konkreetse fondi juhtimis- ja kontrollisüsteemi (JKS) tõhusust ja vastavust fondi ning siseriiklike õigusaktide ja juhistega.

JKS auditeid teostatakse protsesside kaupa. Ühe perioodi jooksul tuleb auditeerida kõik protsessid.

JKS auditite läbiviimine sõltub paljuski, millise EL fondiga on tegemist. Toome siinkohal mõned näited:

Üldprogrammi „Solidaarsus ja rändevoogude juhtimine“ fondide osaas on auditeeritavad protsessid jaotatud Järgmiselt:

  1. Programmitöö
  2. Ülesannete delegeerimine
  3. Projektide valik ja toetuslepingute sõlmimine
  4. Projektide järelevalve
  5. Maksed
  6. Kulude tõendamine
  7. Aruandlus komisjonile
  8. Eeskirjade eiramine
  9. Programmide hindamine

Euroopa Territoriaalse Koostöö Programmide ja Struktuurivahendite osas viiakse JKS auditeid üldjuhul läbi Programmi Asutuste kaupa (Korraldus-. Sertifitseeriv-, Auditeeriv Asutus, Rakendusasutus ja Rakendusüksus).

Hinnangutes tuleb jõuda järeldusele:

  • kas fondi haldus- ja kontrollisüsteemid nimetatud protsesside ulatuses on olnud vastavuses põhiõigusaktides kirjeldatud nõuetega ning nende nõuete alusel koostatud õigusaktide või juhenditega s.h siseriiklike regulatsioonidega;
  • kas nimetatud protsessid toimivad piisavalt tõhusalt selleks, et oleks tagatud Euroopa Komisjonile esitatud kuludeklaratsioonide õigsus ja nende aluseks olnud tehingute seaduslikkus ja korrektsus.

Meie kogemustepagasisse kuulub Juhtimis- ja kontrollisüsteemide läbiviimine erinevate Euroopa Territoriaalse Koostöö Programmide ja Üldprogrammi „Solidaarsus ja rändevoogude juhtimine“ fondide osas.